На сырой после дождя трассе Марк Маркес проехал намного быстрее соперников, завоевав седьмой поул в сезоне.
Квалификацию Гран При Малайзии пришлось задержать на час и 20 минут из-за обрушившегося на окрестности Куала-Лумпура ливня, но к началу второго сегмента условия были уже не слишком экстремальными, позволяя гонщикам атаковать на дождевой резине.
Марк Маркес на втором быстром круге показал результат 2:12.161, и хотя после этого он уронил байк в четвертом повороте и больше не улучшил свое время, соперники и близко не смогли повторить его результат.
На момент падения испанец из Honda опережал преследователей на 1.3 секунды, в итоге Жоан Зарко под клетчатым флагом показал второе время, но все равно уступил более пяти десятых. Француз из Tech3 будет стартовать с первого ряда в третьей гонке подряд.
Валентино Росси начнет борьбу в воскресенье третьим, четвертым стал Андреа Янноне, у которого по ходу сессии произошел неоднозначный эпизод с Маркесом на трассе, когда гонщики не поняли друг друга и обменялись выразительными жестами.
Андреа Довициозо начал свой решающий круг с рекордного времени на первом секторе, но упал на третьем, испортив попытку. Итальянец из Ducati остался пятым.
Победитель предыдущего Гран При в Австралии Маверик Виньялес на мокрой трассе показал только 11-й квалификационный результат.
Также по ходу порьбы за поул упал Алеш Эспаргаро, пробившийся в финал из первого сегмента вместе с Альваро Баутистой.
Не смогли выйти в решающую стадию Скотт Реддинг, который улетел в гравий, успел пересесть на другой байк, но все же остался только третьим, а также Микеле Пирро, показавший рекордное время на двух первых секторах, но все растерявший на третьем.
Хорди Торрес не принимал участия в квалификации и пропустит гонку после того, как упал в заключительной тренировке, и у него диагностировали перелом большого пальца.
Из-за опасности нового ливня в воскресенье старт гонки на Сепанге был перенесен на 9:00 утра по бакинскому времени.